نشأت إدارة الأمن الفكري  بقرار معالي الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي رقم 353/1/ق وتاريخ 14/7/1435 هـ كوحدة تابعة لإدارة التوجيه والارشاد ،

ثم بفائق عناية معالي الرئيس العام صدر قرار معاليه رقم (104/1/ق) وتاريخ (4/3/1437 هـ) بتغيير المسمى الى إدارة الأمن الفكري على أن تكون مرتبطة بمعاليه مباشرة.

فأنشأت إدارة الأمن الفكري لتعميق ثقافة الأمن الفكري بما يحتمه الواجب الشرعي تجاه الدين والمجتمع والأمة وولاة الأمر حفظهم الله,

فحملت على عاتقها العناية بالأمن الفكري وبحماية العقل من الانحرافات الفكرية ،وتوسيع مداركه بما يُمكّنه من حسن الفهم ، والتصور الصحيح ،وتحقيق الوعي العلمي والفكري.

1- ربط الأمة بالعلماء وإبراز توجيهاتهم وفتاويهم .

2- نشر ثقافة الحوار وآداب الاختلاف .

3- إبراز سماحة الإسلام ويسره .

4- توضيح العقيدة الصحيحة و منهج التلقي السليم عند السلف الصالح.

5- ترسيخ منهج الوسطية والاعتدال القائم على العلم النافع والعمل الصالح .

6- تقوية اللحمة و جمع الكلمة وتوحيد الصف , والتحذير من الفرقة والتشرذم .